Förutom de uppdrag som ges av regeringen i regleringsbrevet genomför IAF tillsyn och uppföljningar på eget initiativ. Uppdragen kan utföras dels som större och i tiden längre uppdrag, dels som löpande granskningar. Syftet är att arbetslöshetskassorna och Arbetsförmedlingen ska fullgöra sina uppgifter i arbetslöshetsförsäkringen på ett korrekt och likformigt sätt över hela landet. Granskningarna ska också bidra till att arbetslöshetsförsäkringen fungerar som en omställningsförsäkring
För att göra strategiska prioriteringar i tillsynen arbetar IAF med en modell för riskanalys byggd på en riskinventering som alla medarbetare medverkar i genom att löpande fånga upp riskmoment. Därefter klassificeras och värderas riskerna av en värderingsgrupp i samband med den årliga verksamhetsplaneringen, och en granskningsplan ställs samman. Planen kommuniceras med Arbetsförmedlingen och Arbetslöshetskassornas samorganisation innan den fastställs av generaldirektören.
Ett granskningsuppdrag inleds med att en tydlig uppdragsbeskrivning beslutas. Kommunikation med det granskade objektet, d.v.s. Arbetsförmedlingen eller arbetslöshetskassorna, är viktig för IAF. Vid behov sker en dialog i samband med uppdragsstarten. Granskningsobjekten får också möjlighet att faktagranska rapporter och promemorior innan de färdigställs, och innan dessa beslutas återkopplas de till det aktuella granskningsobjektet.
Operativ granskning, skrivbordsgranskning och kartläggning är exempel på metoder som används i IAF:s tillsyn.