IAF får uppdrag från regeringen via instruktionen och regleringsbrev.
I regeringens instruktion för IAF anges vilka uppgifter myndigheten har. Där framgår också vilka bestämmelser i myndighetsförordningen som är tillämpliga.
I det årliga regleringsbrevet står bland annat vilka mål IAF ska uppnå med sin verksamhet, hur mycket pengar myndigheten har till sitt förfogande och vilka uppdrag som ska redovisas under året.